市林业局设9个内设机构。
 （一）办公室
协助局领导对有关工作进行综合协调和督促检查；负责机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责秘书事务、文书档案、公共关系、提案和议案办复、信访、保密、保卫工作；负责办公自动化工作，负责机关公共事务和行政后勤管理工作。
 （二） 政策法规股（行政审批办公室）
负责有关林业政策、法规的综合调研和局内调查研究的综合工作；研究起草有关政策、法规和规范性文件；负责局综合性材料的起草工作；负责全局信息综合工作，负责局年鉴、大事记、文件汇编等工作；负责全局有关行政复议工作；负责林业普法和行政执法监督工作；负责行政许可及行政审批事项的受理、审批、办复和行政应诉工作；负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作程序、工作制度及行政审批专用章的使用和管理。
 （三）造林绿化管理股（尚志市绿化委员会办公室）
组织、协调、指导和监督全市造林绿化和退耕还林工作；负责制定全市植树造林规划并监督执行，承担全市造林绿化检查验收工作；负责组织、指导、监督封山育林、更新造林和以植树种草等生物措施防治水土流失工作；负责森林种苗培育的管理和技术指导工作；负责组织指导全市国土绿化和全民义务植树工作，指导全市有关行业的绿化工作；承担市绿化委员会的日常工作。
 （四）资源管理股
负责编制森林采伐限额和林木采伐计划，审批林木采伐许可证；负责森林资源监测和统计分析及林业资源档案管理工作；负责林权登记、核发林权证工作；负责协调解决林权争议；依法开展征占用、使用林地的审核审批；负责组织、指导森林旅游管理工作；负责湿地规划的编制、建设、保护和管理工作；组织开展资源区划、规划、设计及其成果的审议。负责组织编制《森林经营方案》并监督实施；检查验收采伐更新；负责森林分类经营工作，指导各类商品林、生态林的经营培育；负责市辖林业安全生产工作。
 （五）林政管理股
负责林政案件查处和信访督办工作；负责木材经营、加工单位、木材检查站的管理和木材运输证、木材经营加工许可证的发放工作；负责全市陆生野生动植物、湿地资源的保护和合理利用工作；组织、指导和监督野生动植物资源保护、驯养繁殖、开发利用和狩猎管理工作；依法发放野生动物驯养繁殖、经营加工和运输许可证工作。
 （六）市政府森林（草原）防火指挥部森林防火办公室
负责组织协调、指导监督全市森林防火工作，制定森林防火规划并组织实施；负责监督检查森林防火责任制落实情况，协调全市有关森林防火的重大问题；负责重大森林火灾的调查处理；负责指导森林防火专业队伍培训、森林防火基础设施建设、森林防火科学研究和技术推广工作；负责对森林警察部队森林防火业务工作进行指导；负责扑灭森林火灾的调度指挥工作；承担市人民政府森林（草原）防火指挥部的日常工作。
  （七）林业改革与产业发展指导股
负责制定和编制林业产业发展规划，指导林业产业政策法规落实、产业结构调整；负责退耕还林后续产业建设工作；负责组织指导林业经济技术合作和智力引进；负责组织林业科研、技术推广和技术监督及信息网络建设，申报重大科研项目，总结推广产业建设典型。负责林权制度改革工作，指导全市森林、林木和林地承包经营、流转及林权管理工作。
  （八）计划财务股
负责组织编制局机关财务预、决算；负责局机关财务、会计业务事项及财务管理工作；负责专项资金拨付及使用和检查监督工作；负责局机关的国有资产管理工作，对所属单位国有资产管理工作进行指导；负责局所属单位的财务审计和监督工作。协助财务、审计、税务等部门抓好所属单位财务人员的行风建设。
   (九) 人事股
负责局机关及所属单位的人事、工资、机构编制、奖惩、培训、专业技术职务评聘等管理工作；负责机关离退休干部管理工作；负责局机关和直属单位目标管理和行政监察工作。
纪律检查委员会和机关党委按党章和有关规定设置。